سازمان افسران در یک سال پس از کودتا به عنوان پوشش و محافظى قدرتمند براى اعضاى باقى مانده حزب در ایران عمل کرد و با آگاهى یافتن از اقدامات رکن۲ ارتش و فرماندارى نظامى از وارد شدن بسیارى از ضربات به حزب جلوگیرى کرد. اما دستگیرى اتفاقى یکى از دوستان نزدیک روز به در صبح روز ۲۱ مرداد ۱۳۳۳ به لو رفتن دو خانه مخفى و کشف شبکه «سازمان افسران» توسط فرماندارى نظامى منجر شد. پس از آن بود که صدها تن از نظامیان مرتبط با این شبکه دستگیر و محاکمه شدند. در نهایت ۲۷ عضو سازمان نظامى در برابر جوخه آتش قرار گرفتند، ۱۳۴ نفر به حبس ابد و حدود ۲۸۰ تن دیگر به دو تا ۱۵ سال زندان محکوم شدند.

سازمان افسران
نورالدین کیانورى در مورد پیشینه عضویت افسران ارتش در حزب توده ایران در خاطراتش گفته است: «در اوایل تشکیل حزب… عده اى از افسران متمایل به مارکسیسم، مانند سرگرد آذر و سروان رزم آور مستقیماً به دفتر حزب آمده و درخواست اسم نویسى مى کردند. ولى پس از مدتى رهبرى حزب آمدن افسران به کلوپ حزب را قدغن کرد و قرار شد که با آنها در خارج از حزب تماس گرفته شود. اولین افسران عضو حزب از افسران شاغل در دانشکده افسرى بودند. پس از مراجعت [عبدالصمد] کامبخش [از شوروى] و برگزارى کنگره اول حزب و انتخاب او به سمت عضو کمیته مرکزى و مسئول تشکیلات کل حزب، او به تشکیل سازمان منسجم افسرى دست زد. حوزه هاى حزبى افسرى، که کاملاً مخفى بود، تشکیل شد و براى هر حوزه هم یکى از مسئولان بالاى حزبى مامور بود که کار تعلیماتى و سیاسى حوزه را اداره کند.» («خاطرات نورالدین کیانورى»)
البته پیش از بازگشت کامبخش از شوروى نیز گروهى از افسران متمایل به حزب به ابتکار آرداشس آوانسیان گرد هم جمع شده بودند و جلساتى تشکیل داده بودند. نخستین انتخابات هیات اجرایى «سازمان افسران» در بهار ۱۳۲۳ برگزار شد و در آن هفت عضو هیات اجرایى برگزیده شدند. خسرو روز به و سرهنگ عبدالرضا آذر عضو این هیات بودند. گروهى از اعضاى سازمان افسران که سرهنگ آذر نیز در میانشان بود در تابستان ۱۳۲۴ به قصد ایجاد یک پایگاه انقلابى در ترکمن صحرا دست به قیام مسلحانه زدند که به «قیام افسران خراسان» شهرت یافت. این قیام به سرعت سرکوب شد و بسیارى از شرکت کنندگان در آن کشته شدند. بقیه نیز یا به شوروى گریختند و یا پس از آغاز غائله آذربایجان به فرقه دموکرات پیوستند. این اقدام افسران توده اى باعث شد رکن۲ ارتش نسبت به مسئله حساس شود و تعدادى از نظامیان را که گرایش چپ داشتند دستگیر و تبعید کند.
موضع حزب توده در ماجراى آذربایجان و پس از آن تصمیم حزب به انحلال سازمان افسران، در میان گروهى از افسران عضو حزب تزلزل ایجاد کرد. در واقع پس از شکست فرقه دموکرات آذربایجان در آذر ماه ۱۳۲۵ و در شرایطى که حزب توده شرایط شکننده اى پیدا کرده بود، هیات اجرایى حزب به پیشنهاد خلیل ملکى (که هنوز از حزب جدا نشده بود) به انحلال «سازمان افسران» راى داد تا آسیب پذیرى حزب را کاهش دهد.
کیانورى که به عنوان رابط حزب با سازمان افسران، مامور ابلاغ این راى شده بود، واکنش رهبرى سازمان را چنین توصیف کرده است: «به دستور هیات اجرائیه موقت این تصمیم حزب را به روز به ابلاغ کردم. روز به بى اندازه برآشفته شد و آن را به عنوان اخراج افسران از حزب تلقى کرد و آن را خیانت به حزب و جنبش ارزیابى کرد. روز به و آن چند نفرى که رهبرى سازمان را به عهده داشتند تصمیم گرفتند به کلیه افسران اعلام کنند که از حزب کنار رفته اند و تقاضا کردند که آنکت هاى حزبى، یعنى درخواست هاى پذیرش به حزب افسران به آنها باز گردانیده شود تا در آرشیو حزب اثرى از نام آنها باقى نماند…. بعد روز به و افسران مومن به کمونیسم تصمیم گرفتند که آن افرادى را که به مبارزه علاقه مند بودند در یک شبکه کوچک تر جمع کنند و به تدریج به دست چین و جمع کردن آن اعضاى سازمان که آماده ادامه فعالیت بودند پرداختند.»

بازمانده
به این ترتیب سازمان افسران حزب توده عملاً منحل نشد و حتى پس از حادثه ترور شاه در سال ۱۳۲۷ و غیر قانونى شدن حزب، دست نخورده باقى ماند. یکى از انتقاداتى که نسبت به عملکرد حزب توده مطرح شده، بى تحرک ماندن سازمان افسران در جریان کودتاى ۲۸ مرداد است. رهبران حزب با پذیرش برخى اشتباهات در جریان نهضت ملى، انتقاد از سکوت سازمان افسران در برابر کودتا را ناشى از وجود تصورى اغراق آمیز از گستردگى و توانایى آن مى دانند.


سازمان افسران در یک سال پس از کودتا به عنوان پوشش و محافظى قدرتمند براى اعضاى باقى مانده حزب در ایران عمل کرد و با آگاهى یافتن از اقدامات رکن۲ ارتش و فرماندارى نظامى از وارد شدن بسیارى از ضربات به حزب جلوگیرى کرد. اما دستگیرى اتفاقى یکى از دوستان نزدیک روز به در صبح روز ۲۱ مرداد ۱۳۳۳ به لو رفتن دو خانه مخفى و کشف شبکه «سازمان افسران» توسط فرماندارى نظامى منجر شد.
پس از آن بود که صدها تن از نظامیان مرتبط با این شبکه دستگیر و محاکمه شدند. در نهایت ۲۷ عضو سازمان نظامى در برابر جوخه آتش قرار گرفتند، ۱۳۴ نفر به حبس ابد و حدود ۲۸۰ تن دیگر به دو تا ۱۵ سال زندان محکوم شدند.
